Проблема
Требует контейнер на дискете хотя он в реестре
Решение
Такое бывает, если по каким то причинам, имя контейнера одинаковое для 2 ключей. Необходимо найти этот ключ и удалить привязку и или перекопировать контейнер с новым именем и заново связать сертификат с новым контейнером.
Нахождение привязки контейнера и ключа
Переходим в папку c:\documents and settings\имя пользователя\application data\microsoft\systemcertificates\my\certificates.
С помощью блокнота открываем эти файлы, если с сертификатом связан ключ, то внутри будет наше искомое имя контейнера, к которому сертификат привязан.
Для решения именно моей проблемы, было достаточно удалить этот файл + также удалить запомненные пароли в свойствах КриптоПро.